بخش گردشگری سلامت بیمارستان مطهری گنبد کاووس خدماتی تخصصی برای بیماران و همراهان غیرساکن ارائه می‌دهد. این بخش شامل هماهنگی پذیرش، راهنمایی در استفاده از خدمات درمانی، رزرو اقامت و پشتیبانی بیماران خارجی یا شهرستانی است. هدف آن تسهیل دسترسی به خدمات درمانی با کیفیت و ایجاد تجربه‌ای راحت و مطمئن برای بیماران و همراهان است.

بخش دیالیز بیمارستان مطهری گنبد کاووس ویژه بیماران مبتلا به نارسایی کلیوی است و خدمات تصفیه خون (همودیالیز) را با دستگاه‌های پیشرفته ارائه می‌دهد. این بخش با نظارت پزشکان متخصص و پرستاران آموزش‌دیده فعالیت می‌کند و هدف آن بهبود کیفیت زندگی بیماران کلیوی و پیشگیری از عوارض ناشی از تجمع مواد زائد در بدن است. همچنین خدمات آن به‌صورت منظم و برنامه‌ریزی‌شده برای بیماران بستری و سرپایی انجام می‌شود.

بخش رادیولوژی بیمارستان مطهری گنبد کاووس با بهره‌گیری از دستگاه‌های پیشرفته تصویربرداری، خدمات تشخیصی دقیق را به بیماران ارائه می‌دهد. در این بخش انواع تصویربرداری شامل رادیوگرافی ساده، عکس‌های تخصصی از اندام‌ها، سی‌تی‌اسکن و سونوگرافی انجام می‌شود. این واحد به‌صورت شبانه‌روزی فعال بوده و نقش مهمی در تشخیص سریع آسیب‌های ناشی از حوادث و ترومای بیماران دارد.

آزمایشگاه بیمارستان مطهری گنبد کاووس یکی از بخش‌های فعال و تخصصی این مرکز درمانی است که به‌صورت شبانه‌روزی خدمات تشخیصی ارائه می‌دهد. در این بخش انواع آزمایش‌های خون، ادرار، مدفوع، بیوشیمی، هماتولوژی، میکروب‌شناسی و هورمونی انجام می‌شود. آزمایشگاه با استفاده از تجهیزات مدرن و کادر مجرب، نقش مهمی در تشخیص دقیق بیماری‌ها و پیگیری روند درمان بیماران دارد.

در بیمارستان مطهری گنبد کاووس، بخش بستری زنان برای مراقبت و درمان بیماری‌های داخلی و جراحی‌های عمومی بانوان فعالیت دارد و خدمات زایمان ارائه نمی‌دهد.
بخش بستری مردان به پذیرش و درمان بیماران مرد با بیماری‌ها و جراحی‌های عمومی و اورژانسی اختصاص دارد.
بخش ارتوپدی نیز از بخش‌های اصلی مرکز ترومای بیمارستان است و به درمان شکستگی‌ها، آسیب‌های اسکلتی و جراحی‌های استخوان و مفصل می‌پردازد.

بخش اورژانس بیمارستان شهید مطهری، به‌عنوان مرکز ترومای شرق استان گلستان، با تجهیزات پیشرفته و کادر مجرب، خدمات فوری پزشکی مانند تشخیص سریع، احیای قلبی-ریوی و مراقبت‌های اولیه را به‌صورت ۲۴ ساعته ارائه می‌دهد.